Paquet : insilicoseq (1.5.4-6)

[ Paquet source : insilicoseq  ]

simulateur de séquençage produisant des lectures Illumina réalistes

Conçu au départ pour la simulation d’échantillons métagénomiques, il peut aussi être utilisé pour produire des données de séquençage pour un seul génome.

InSilicoSeq est écrit en Python et utilise l’estimation par la méthode du noyau de densité pour modéliser la qualité de lecture de données de séquençage réelles.

InSilicoSeq prend en charge la substitution, l’insertion et la suppression d’erreurs. Si l’utilisation de l’insertion et la suppression d’erreurs ne sont pas utiles, un modèle basique d’erreur est fourni.

Autres paquets associés à insilicoseq

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-biopython

  bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique

• dep: python3-future

  prise en charge d’un source unique pour Python 3 et 2 – Python 3.x

• dep: python3-joblib

  tools to provide lightweight pipelining in Python

• dep: python3-numpy

  gestion rapide des tableaux avec le langage Python 3

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-requests

  bibliothèque HTTP simple et élégante pour Python3, construite pour les êtres humains

• dep: python3-scipy

  outils scientifiques pour Python 3

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	1 435,4 ko	1 609,0 ko	[liste des fichiers]