Paquet : qiime (2022.11.1-2)

[ Paquet source : qiime  ]

QIIME, Quantitative Insights Into Microbial Ecology

Les microbes sont omniprésents autour des humains, des animaux, des plantes et de tous leurs parasites, avec un forte interaction sur eux et sur leur environnement. La qualité du sol vient à l’esprit, mais aussi l’effet qu’ont les bactéries sur tous. Les humains influent sur leur abondance relative et absolue par des antibiotiques, des aliments, des engrais ou tout ce qui vient à l’esprit, et ces changements affectent tout le monde.

QIIME 2 est un paquet pour l’analyse de microbiome, extensible et décentralisée avec une attention particulière sur la transparence des données et analyses. QIIME 2 permet aux chercheurs de commencer une analyse avec des données de séquences d’ADN et de terminer avec des figures et des résultats statistiques de qualité professionnelle. Principales caractéristiques :

 — suivi intégré et automatique de la provenance des données ;
 — système de type sémantique ;
 — système de greffons pour étendre les fonctionnalités d’analyse de
   microbiome ;
 — prise en charge de plusieurs types d’interface (par exemple, API,
   ligne de commande, graphique) ;

QIIME 2 est une nouvelle conception et une réécriture de la tuyauterie d’analyse de microbiome, QIIME 1. QIIME 2 corrigera la plupart des limitations de QIIME 1, tout en conservant les fonctions qui font de QIIME 1 une tuyauterie d’analyse puissante et largement utilisée.

QIIME 2 actuellement prend en charge une première tuyauterie d’analyse de microbiome de bout en bout. De nouvelles fonctionnalités seront régulièrement disponibles à travers des greffons de QIIME 2. Une liste de greffons peut être consultée sur la page de disponibilité de greffons de QIIME 2. La page des futurs greffons liste les greffons en cours de développement.

Étiquettes: Rôle: Programme

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