Paquet : alien-hunter (1.7-10)

[ Paquet source : alien-hunter  ]

Distribution des motifs d'ordre variable (IVOM) pour identifier l'ADN acquis par transfert horizontal

Alien_hunter est une application pour la détection des gènes acquis par transfert horizontal grâce au programme IVOM (Interpolated Variable Order Motifs). IVOM identifie des biais compositionnels en utilisant la distribution des motifs d’ordre variable et capture la composition d'une séquence locale de manière plus fiable que les méthodes à ordre fixe. Les régions prédites peuvent aussi être analysées dans un HMM (Hidden Markov Model) à deux états et du second ordre, avec un algorithme de détection du points de changement, pour optimiser la localisation des liaisons des régions prédites. Les prédictions (au format embl) peuvent être chargées automatiquement dans l'afficheur de génome Artemis, disponible gratuitement sur : http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Biologie structurale, Mis en œuvre en: implemented-in::java, implemented-in::perl, Interface utilisateur: Ligne de commande, Rôle: role::program, scope::utility, But: Analyse

Autres paquets associés à alien-hunter

• dep: libbiojava-java (>= 1:1.9.5+dfsg)

  Java API to biological data and applications (default version)

• dep: libbytecode-java

  bibliothèque de manipulation de pseudo-code Java

• dep: libcommons-cli-java

  Command line arguments and options parsing library

• dep: libcommons-collections3-java

  Apache Commons Collections - Extended Collections API for Java

• dep: libcommons-dbcp-java

  Database Connection Pooling Services

• dep: libcommons-pool-java

  pooling implementation for Java objects

• sug: bioperl

  outils en Perl pour la bio-informatique

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