Paquet : wigeon (20101212+dfsg1-5)

[ Paquet source : microbiomeutil  ]

réimplémentation de l'utilitaire de détection d'anomalies de l'ADN 16S Pintail

WigeoN examine la conservation des séquences entre une séquence demandée et une séquence de référence, toutes les deux avec l'algorithme NAST (« Nearest Alignment Space Termination »). Basé sur l'identité de la séquence entre la séquence demandée et la séquence de référence, une quantité de variation parmi l'alignement est attendue. Si la variation observée est supérieure à 95 % de la variation observée du quantile de la distribution entre les séquences sans anomalies, alors elle est marquée comme ayant une anomalie.

WigeoN est un utilitaire flexible basé sur la nouvelle implémentation de l'algorithme Pintail. Applied and Environmental Microbiology. Décembre 2005; 71 (12): 7724-7736 .

Le paquet WigeoN est pratique pour marquer seulement les chimères et les anomalies dans les séquences d'ARNr 16S de pleine longueur. Le paquet WigeoN manque de sensibilité avec les séquences de moins de 1 000 paires de bases.

Pour exécuter WigeoN, vous avez besoin de séquences formatées NAST générées par l'utilitaire nast-ier.

Le paquet WigeoN fait partie de l'ensemble de paquets microbiomeutil.

Autres paquets associés à wigeon

• dep: microbiomeutil-data

  Reference 16S sequences and NAST-alignments used by microbiomeutil tools

• rec: nast-ier

  NAST-based DNA alignment tool

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	29,0 ko	169,0 ko	[liste des fichiers]