Paquet : clustalx (2.1+lgpl-9)

[ Paquet source : clustalx  ]

alignement multiple de séquences d'acides nucléiques et de protéines - interface graphique

Ce paquet offre une interface graphique utilisateur pour le programme Clustal d'alignement de plusieurs séquences. Il fournit un environnement intégré pour effectuer plusieurs alignements par séquence et par profil pour analyser les résultats. L'alignement de séquences est affiché dans une fenêtre sur l'écran. Un système de coloration souple a été intégré pour mettre en évidence les caractéristiques conservées dans l'alignement. Pour les présentations professionnelles, il convient d'utiliser le paquet texshade (LaTeX) ou boxshade .

Les menus déroulants en haut de la fenêtre permettent de sélectionner toutes les options nécessaires pour les traditionnels alignements par séquences multiples et par profil. Vous pouvez couper-coller les séquences pour changer l'ordre de l'alignement ; vous pouvez sélectionner un sous-ensemble de séquences à aligner ; vous pouvez sélectionner une sous-plage de l'alignement à réaligner et réinsérer dans l'alignement original.

Une analyse de la qualité de l'alignement peut être réalisée et les segments à faible score ou les résidus exceptionnels peuvent être mis en évidence.

Étiquettes: Biologie: Clustal et ALN, Protéines, Domaine: field::biology, field::biology:bioinformatics, Mis en œuvre en: implemented-in::c, interface::commandline, Interface utilisateur: Graphical User Interface, interface::x11, role::program, Champ d'application: Utilitaire, Boîte à outils d'interface utilisateur: LessTif ou Motif, uitoolkit::qt, use::analysing, But: Comparaison, use::viewing, works-with-format::plaintext, Fonctionne avec: Étiquette supplémentaire nécessaire, Système X Window: Application

Autres paquets associés à clustalx

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libqt5core5a (>= 5.15.1)

  module principal de QT⋅5

• dep: libqt5gui5 (>= 5.2.0)

  module Qt⋅5 d'interface graphique

  ou libqt5gui5-gles (>= 5.2.0)

  Qt 5 GUI module — OpenGL ES variant

• dep: libqt5widgets5 (>= 5.0.2)

  module de widgets de Qt⋅5

• dep: libqt5xml5 (>= 5.0.2)

  Qt 5 XML module

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• sug: boxshade

  Rendu élégant d'alignements multiples de séquences

• sug: clustalw

  alignement de séquences de nucléotides ou de peptides

• sug: texlive-latex-extra

  TeX Live: LaTeX additional packages

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
i386	458,4 ko	1 389,0 ko	[liste des fichiers]