Paquet : clonalframe (1.2-11 et autres)

[ Paquet source : clonalframe  ]

inférence de microévolution bactérienne en utilisant des données de séquence multilocus

ClonalFrame identifie les relations clonales entre les membres d'un échantillon et estime la position chromosomale des évènements de recombinaison homologue qui peuvent perturber l'héritage clonal.

ClonalFrame peut être appliqué à n'importe quelle séquence de données, d'un fragment d'ADN à des génomes entiers. Il est performant dans l'analyse de données MLST, où 7 fragments de gène ont été séquencés, et devient progressivement de plus en plus performant à mesure que les régions séquencées augmentent en longueur et nombre jusqu'au génome entier. Il nécessite cependant que les séquences soient alignées. Si les données génomiques ne sont pas alignées, il est recommandé d'utiliser Mauve qui produit un alignement de génomes bactériens entiers au format requis par ClonalFrame pour l'analyse.

Étiquettes: Mis en œuvre en: C++, Rôle: Programme

Autres paquets associés à clonalframe

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1)

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• sug: clonalframeml

  inférence efficace de recombinaison de génomes de bactéries entières

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
i386	1.2-11+b2	54,2 ko	135,0 ko	[liste des fichiers]