Paquet : canu (2.0+dfsg-2 et autres)

[ Paquet source : canu  ]

assembleur de séquences de molécules simples pour les génomes

Canu est un fork de Celera Assembler, conçu pour le séquençage fortement bruité de molécules simples (comme PacBio RS II ou Oxford Nanopore MinION).

Canu est un processus d'assemblage hiérarchique fonctionnant en quatre étapes :

 – détection des chevauchements dans les séquences très bruitées grâce à
   MHAP ;
 – génération du consensus de séquence corrigé ;
 – élagage des séquences corrigées ;
 – assemblage des séquences corrigées élaguées.

Autres paquets associés à canu

• dep: gnuplot

  programme de tracé interactif en ligne de commande
  un paquet virtuel est également fourni par gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libfilesys-df-perl

  Module to obtain filesystem disk space information

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: mhap

  locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• sug: nanopolish

  identification de consensus pour les données de séquençage par nanopore

• sug: pbgenomicconsensus

  Paquet indisponible

Télécharger canu

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
i386	2.0+dfsg-2+b1	1 317,8 ko	10 030,0 ko	[liste des fichiers]