Paquet : cufflinks (2.2.1+dfsg.1-9) [non-free]

[ Paquet source : cufflinks  ]

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples. It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the relative abundances of these transcripts based on how many reads support each one.

This package provides the binary of cufflinks and associated tools, i.e. compress_gtf, cuffcompare, cuffdiff, cuffmerge, cuffnorm, cuffquant and gtf_to_sam.

Étiquettes: Biologie: Acides nucléiques, Domaine: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Rôle: Programme, Fonctionne avec: Séquence biologique

Autres paquets associés à cufflinks

• dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0)

  bibliothèque de sérialisation pour C++

• dep: libboost-thread1.74.0 (>= 1.74.0)

  multitâche portable pour C++

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.0) [amd64, armel, armhf]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.1) [s390x]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Bibliothèque de compression - binaires

• rec: gffread

  GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction

• enh: tophat

  Paquet indisponible

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	1 484,6 ko	10 299,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1 388,5 ko	9 760,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1 214,0 ko	9 032,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1 116,5 ko	6 100,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1 517,8 ko	10 470,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1 563,8 ko	15 038,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	1 494,8 ko	13 191,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1 557,6 ko	13 796,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1 314,1 ko	10 756,0 ko	[liste des fichiers]