Paquet : snakemake (7.21.0-1)

[ Paquet source : snakemake  ]

pythonic workflow management system

Build systems like GNU Make are frequently used to create complicated workflows, e.g. in bioinformatics. This project aims to reduce the complexity of creating workflows by providing a clean and modern domain specific language (DSL) in Python style, together with a fast and comfortable execution environment.

Autres paquets associés à snakemake

• dep: ca-certificates

  certificats CA courants

• dep: libjs-bootstrap

  HTML, CSS and JS framework

• dep: libjs-jquery

  JavaScript library for dynamic web applications

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-appdirs

  détermination des répertoires adéquats selon la plateforme – Python 3

• dep: python3-configargparse

  replacement for argparse with config files and environment variables (Python 3)

• dep: python3-connection-pool

  thread-safe connection pool for Python3

• dep: python3-datrie

  Super-fast, efficiently stored Trie for Python 3

• dep: python3-docutils

  système de traitement de texte pour reStructuredText – implémentation en Python 3

• dep: python3-git

  Python library to interact with Git repositories

• dep: python3-humanfriendly

  Python3 library to make user friendly text interfaces

• dep: python3-jinja2 (>= 3.0~)

  small but fast and easy to use stand-alone template engine

• dep: python3-jsonschema

  An(other) implementation of JSON Schema (Draft 3, 4, 6, 7)

• dep: python3-nbformat

  Jupyter notebook format (Python 3)

• dep: python3-pkg-resources

  découverte de paquets et accès aux ressources avec pkg_resources

• dep: python3-psutil

  module fournissant des fonctions pratiques pour la gestion de processus –⋅Python3

• dep: python3-pulp (>= 2.0~)

  modélisation LP — Python 3.x

• dep: python3-ratelimiter

  simple Python library for limiting the rate of operations

• dep: python3-requests

  bibliothèque HTTP simple et élégante pour Python3, construite pour les êtres humains

• dep: python3-retry

  décorateur « retry » facile à utiliser

• dep: python3-smart-open (>= 3.0~)

  utils for streaming large files

• dep: python3-stopit

  Timeout control decorator and context manager for Python3

• dep: python3-tabulate

  pretty-print tabular data in Python3

• dep: python3-throttler

  easy throttling with asyncio support for Python3

• dep: python3-toposort

  topological sort algorithm - Python 3 module

• dep: python3-wrapt

  décorateurs, enveloppes et extensions – Python 3.x

• dep: python3-yaml

  analyseur et générateur de code YAML pour Python3

• rec: cwltool

  implémentation de la référence du langage Common Workflow

• rec: imagemagick

  programmes de manipulation d'image — binaires
  un paquet virtuel est également fourni par graphicsmagick-imagemagick-compat, imagemagick-6.q16

• rec: python3-azure-storage

  bibliothèque pour Microsoft Azure Storage pour Python 3.x

• rec: python3-biopython

  bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique

• rec: python3-boto3

  interface en Python pour les services internet d’Amazon –⋅Python 3.x

• rec: python3-botocore

  noyau de bas niveau piloté par les données de boto⋅3 –⋅Pyhon⋅3

• rec: python3-dropbox

  Official Dropbox API Client (Python3 version)

• rec: python3-flask

  petit cadriciel web basé sur Werkzeug et Jinja 2 –⋅Python⋅3.x

• rec: python3-ftputil

  high-level FTP client library for Python

• rec: python3-irodsclient

  Client API for iRods

• rec: python3-kubernetes

  Kubernetes Python client - Python 3.x

• rec: python3-pygments

  paquet de coloration syntaxique écrit en Python 3

• rec: python3-tz

  version Python3 de la base de données de fuseaux horaires d'Olson

• rec: python3-urllib3

  bibliothèque HTTP avec groupement de connexions utilisable avec les processus légers pour Python3

• rec: python3-yappi

  Yet Another Python Profiler - Python 3.x

• sug: slurm-client

  commandes côté client de Slurm

• sug: snakemake-doc

  documentation for pythonic workflow management system

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
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