Paquet : roary (3.13.0+dfsg-1)

[ Paquet source : roary  ]

pipeline de pangénome autonome et très rapide

Roary est un pipeline de pangénome autonome et très rapide, prenant des assemblages annotés au format GFF3 (comme produits, par exemple, par Prokka) et calculant le pangénome. En utilisant un ordinateur de bureau courant, il est possible d’analyser des ensembles de données ayant des milliers d’échantillons, chose infaisable de manière informatique avec les méthodes existantes, et ce sans compromettre la qualité des résultats. 128 échantillons peuvent être analysés en une heure et avec un gigaoctet de RAM et un processeur unique. Pour réaliser cette analyse, l’utilisation des méthodes existantes prendrait des semaines et demanderait des centaines de gigaoctets de RAM. Roary n’est pas prévu pour la métagénomique ou pour comparer des ensembles extrêmement divers de génomes.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::perl, interface::commandline, Rôle: Programme, Champ d'application: Utilitaire, But: use::analysing, use::comparing

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• dep: ncbi-blast+

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• dep: parallel

  build and execute command lines from standard input in parallel

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: prank

  Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences

• dep: r-base-core

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-cran-ggplot2

  implementation of the Grammar of Graphics

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