Paquet : prime-phylo (1.0.11-10)

[ Paquet source : prime-phylo  ]

bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) is a package supporting inference of evolutionary parameters in a Bayesian framework using Markov chain Monte Carlo simulation. A distinguishing feature of PrIME is that the species tree is taken into account when analyzing gene trees.

The input data to PrIME is a multiple sequence alignment in FASTA format and the output data contains trees in Newick format.

Autres paquets associés à prime-phylo

• dep: libblas3

  implémentation de référence en algèbre linéaire de base - bibliothèque partagée

  ou libblas.so.3

  paquet virtuel fourni par libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libboost-mpi1.74.0 (>= 1.74.0)

  interface C++ à l’interface de passage de message (Message Passing Interface –⋅MPI)

• dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0)

  bibliothèque de sérialisation pour C++

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: liblapack3

  bibliothèque de routines algébriques version⋅3 –⋅version partagée

  ou liblapack.so.3

  paquet virtuel fourni par libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libopenmpi3 (>= 4.1.0)

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: libxml2 (>= 2.7.4)

  Bibliothèque XML GNOME

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• sug: mafft

  programme d'alignement multiple pour des séquences de nucléotides ou d'acides aminés

• sug: mrbayes

  Bayesian Inference of Phylogeny

• sug: muscle

  programme d'alignements multiples de séquences de protéine

• sug: njplot

  programme de dessin d’arbre phylogénétique

• sug: phyml

  estimation phylogénétique utilisant la probabilité maximale

• sug: probalign

  alignement de séquences multiples en utilisant les probabilités à postériori de la fonction de partition

• sug: python3-biopython

  bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique

• sug: raxml

  ressemblance maximale accélérée aléatoire d'arbres phylogénétiques

• sug: treeviewx

  affiche et imprime les arbres phylogénétiques

Télécharger prime-phylo

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
armel	677,1 ko	2 533,0 ko	[liste des fichiers]