Paquet : r-bioc-gsva (1.46.0+ds-1)

[ Paquet source : r-bioc-gsva  ]

Gene Set Variation Analysis for microarray and RNA-seq data

Gene Set Variation Analysis (GSVA) is a non-parametric, unsupervised method for estimating variation of gene set enrichment through the samples of a expression data set. GSVA performs a change in coordinate systems, transforming the data from a gene by sample matrix to a gene- set by sample matrix, thereby allowing the evaluation of pathway enrichment for each sample. This new matrix of GSVA enrichment scores facilitates applying standard analytical methods like functional enrichment, survival analysis, clustering, CNV-pathway analysis or cross- tissue pathway analysis, in a pathway-centric manner.

Autres paquets associés à r-bioc-gsva

• dep: libc6 (>= 2.17)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.16

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1)

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-bioc-biobase

  fonctions de base pour Bioconductor

• dep: r-bioc-biocparallel

  BioConductor facilities for parallel evaluation

• dep: r-bioc-biocsingular

  décomposition en valeurs singulières pour les paquets de Bioconductor

• dep: r-bioc-delayedarray

  BioConductor delayed operations on array-like objects

• dep: r-bioc-delayedmatrixstats

  fonctions pour les lignes et les colonnes des objets « DelayedMatrix »

• dep: r-bioc-gseabase

  Gene set enrichment data structures and methods

• dep: r-bioc-hdf5array

  HDF5 backend for DelayedArray objects

• dep: r-bioc-iranges

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

• dep: r-bioc-s4vectors

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-singlecellexperiment

  S4 Classes for Single Cell Data

• dep: r-bioc-sparsematrixstats

  BioConductor summary statistics for rows and columns of sparse matrices

• dep: r-bioc-summarizedexperiment

  BioConductor assay container

• dep: r-cran-matrix (>= 1.5-0)

  paquet de GNU R de classes pour les matrices denses et creuses

• rec: r-cran-fastmatch

  GNU R package for fast match replacement for repeated look-ups

• rec: r-cran-runit

  paquet de GNU R fournissant un cadriciel de tests unitaires

• sug: r-bioc-biocgenerics

  generic functions for Bioconductor

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-edger

  analyse empirique de données numériques d’expressions de gène avec R

• sug: r-bioc-genefilter

  méthodes de filtrage de gènes à partir d’expériences sur puce

• sug: r-bioc-limma

  modèles linéaires pour des données de biopuce (microarray)

• sug: r-bioc-org.hs.eg.db

  genome-wide annotation for Human

• sug: r-cran-data.table

  GNU R extension of Data.frame

• sug: r-cran-future

  R package: A Future API for R

• sug: r-cran-ggplot2

  implementation of the Grammar of Graphics

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-plotly

  create interactive web graphics via 'plotly.js' in GNU R

• sug: r-cran-promises

  abstractions de R pour la programmation asynchrone basée sur les promesses

• sug: r-cran-rcolorbrewer

  paquet de GNU R fournissant des palettes de couleurs adaptées

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-shiny

  GNU R web application framework

• sug: r-cran-shinydashboard

  GNU R create dashboards with 'Shiny'

• sug: r-cran-shinyjs

  Easily Improve the User Experience of Your Shiny Apps in Seconds

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
arm64	786,6 ko	964,0 ko	[liste des fichiers]