Paquet : r-bioc-dexseq (1.44.0+dfsg-1)

[ Paquet source : r-bioc-dexseq  ]

GNU R inference of differential exon usage in RNA-Seq

The package is focused on finding differential exon usage using RNA-seq exon counts between samples with different experimental designs. It provides functions that allows the user to make the necessary statistical tests based on a model that uses the negative binomial distribution to estimate the variance between biological replicates and generalized linear models for testing. The package also provides functions for the visualization and exploration of the results.

Autres paquets associés à r-bioc-dexseq

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.16

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1)

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-bioc-annotationdbi

  GNU R Annotation Database Interface pour BioConductor

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  fonctions de base pour Bioconductor

• dep: r-bioc-biocgenerics

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocparallel

  BioConductor facilities for parallel evaluation

• dep: r-bioc-biomart

  interface de GNU R aux bases de données BioMart (Ensembl, COSMIC, Wormbase et Gramene)

• dep: r-bioc-deseq2 (>= 1.9.11)

  R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

• dep: r-bioc-genefilter

  méthodes de filtrage de gènes à partir d’expériences sur puce

• dep: r-bioc-geneplotter

  paquet de R de fonctions de tracé de données génomiques

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.23.7)

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.5.17)

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

• dep: r-bioc-rsamtools

  importation de fichiers BAM, BCF et tabix pour GNU R

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.23.18)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

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• dep: r-cran-hwriter

  éditeur HTML – production d’objets de R au format HTML

• dep: r-cran-rcolorbrewer

  paquet de GNU R fournissant des palettes de couleurs adaptées

• dep: r-cran-statmod

  GNU R package providing algorithms and functions for statistical modeling

• dep: r-cran-stringr

  Make it easier to work with strings

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-genomicfeatures (>= 1.13.29)

  GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	444,1 ko	675,0 ko	[liste des fichiers]