Paquet : plasmidid (1.6.5+dfsg-2)

[ Paquet source : plasmidid  ]

outil d’identification de plasmide, basé sur les mappages et aidé par des assemblages

PlasmidID est un outil d’identification de plasmide, basé sur les mappages et aidé par des assemblages, qui analyse fournit des solutions graphiques pour l’identification de plasmide.

PlasmidID est un enchainement de calculs qui mappe les lectures d’Illumina selon les séquences de base de données de plasmide. Les séquences les plus couvertes, filtrées selon les k-mères, sont regroupées par identité pour éviter des redondances, et les plus longues sont utilisées comme échafaudages pour la reconstruction de plasmides. Les lectures sont assemblées et marquées selon une annotation spécifique et automatique. Toutes les informations générées à partir des mappages, des assemblages, des annotations et des analyses d’alignement local sont rassemblées et représentées précisément dans une image circulaire qui permet à l’utilisateur de déterminer la composition plasmidique dans n’importe quel échantillon de bactérie.

Autres paquets associés à plasmidid

• dep: bedtools

  suite d'utilitaires pour la comparaison des caractéristiques de génomes

• dep: bowtie2

  aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

• dep: cd-hit

  suite de programmes conçus pour grouper rapidement des séquences

• dep: circos

  outil de dessin pour visualiser des données

• dep: mash

  estimation rapide de distance entre génomes et métagénomes utilisant MinHash

• dep: ncbi-blast+

  suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération

• dep: prokka

  rapid annotation of prokaryotic genomes

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• rec: python3-biopython

  bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique

• rec: python3-numpy

  gestion rapide des tableaux avec le langage Python 3

• rec: python3-pandas

  structures de données pour des données « relationnelles » ou « étiquetées »

• rec: spades

  assembleur génomique pour des ensembles de données de « single-cell » et « isolates »

• rec: trimmomatic

  outil flexible de découpage de lecture pour les données Illumina NGS

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	46,1 ko	331,0 ko	[liste des fichiers]