Paquet : maffilter (1.3.1+dfsg-4)

[ Paquet source : maffilter  ]

process genome alignment in the Multiple Alignment Format

MafFilter applies a series of "filters" to a MAF file, in order to clean it, extract data and computer statistics while keeping track of the associated meta-data such as genome coordinates and quality scores.

 * It can process the alignment to remove low-quality / ambiguous /
   masked regions.
 * It can export data into a single or multiple alignment file in
   format such as Fasta or Clustal.
 * It can read annotation data in GFF or GTF format, and extract the
   corresponding alignment.
 * It can perform sliding windows calculations.
 * It can reconstruct phylogeny/genealogy along the genome alignment.
 * It can compute population genetics statistics, such as site
   frequency spectrum, number of fixed/polymorphic sites, etc.

Autres paquets associés à maffilter

• dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0)

  bibliothèque Boost.Iostreams

• dep: libbpp-core4 (>= 2.4.1)

  bibliothèque principale de Bio++

• dep: libbpp-phyl-omics3 (>= 2.4.1)

  bibliothèque de phylogénétique de Bio++ – composants génomiques

• dep: libbpp-phyl12 (>= 2.4.1)

  bibliothèque de phylogénétique de Bio++

• dep: libbpp-seq-omics3 (>= 2.4.1)

  bibliothèque de séquences pour Bio++ – composants génomiques

• dep: libbpp-seq12 (>= 2.4.1)

  bibliothèque de séquences pour Bio++

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• sug: maffilter-examples

  process genome alignment in the Multiple Alignment Format (example data)

Télécharger maffilter

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	254,0 ko	1 312,0 ko	[liste des fichiers]