Paquet : discosnp (1:2.6.2-2)

[ Paquet source : discosnp  ]

détection du polymorphisme d'un seul nucléotide pour des ensembles bruts de lectures

Software discoSnp is designed for discovering Single Nucleotide Polymorphism (SNP) from raw set(s) of reads obtained with Next Generation Sequencers (NGS).

Note that number of input read sets is not constrained, it can be one, two, or more. Note also that no other data as reference genome or annotations are needed.

The software is composed by two modules. First module, kissnp2, detects SNPs from read sets. A second module, kissreads, enhance the kissnp2 results by computing per read set and for each found SNP:

 1) its mean read coverage
 2) the (phred) quality of reads generating the polymorphism.

This program is superseded by DiscoSnp++.

Autres paquets associés à discosnp

• dep: gatb-core

  boite à outils génomique avec le graphe de de Bruijn

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2)

  dynamic library of the Genome Analysis Toolbox

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libhdf5-103-1

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger discosnp

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	1 418,3 ko	2 882,0 ko	[liste des fichiers]