Paquet : r-bioc-tximeta (1.16.1+dfsg-1)

[ Paquet source : r-bioc-tximeta  ]

Transcript Quantification Import with Automatic Metadata

Transcript quantification import from Salmon and alevin with automatic attachment of transcript ranges and release information, and other associated metadata. De novo transcriptomes can be linked to the appropriate sources with linkedTxomes and shared for computational reproducibility.

Autres paquets associés à r-bioc-tximeta

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.16

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-2)

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-bioc-annotationdbi

  GNU R Annotation Database Interface pour BioConductor

• dep: r-bioc-annotationhub

  client GNU R pour accéder aux ressources d'AnnotationHub

• dep: r-bioc-biocfilecache

  gestion par GNU R de fichiers entre les sessions

• dep: r-bioc-biostrings

  GNU R string objects representing biological sequences

• dep: r-bioc-ensembldb

  GNU R utilities to create and use an Ensembl based annotation database

• dep: r-bioc-genomeinfodb

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• dep: r-bioc-genomicfeatures

  GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

• dep: r-bioc-genomicranges

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-iranges

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

• dep: r-bioc-s4vectors

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-summarizedexperiment

  BioConductor assay container

• dep: r-bioc-tximport

  estimations au niveau transcription de séquences biologiques

• dep: r-cran-jsonlite

  Robust, High Performance JSON Parser and Generator for R

• dep: r-cran-matrix

  paquet de GNU R de classes pour les matrices denses et creuses

• dep: r-cran-tibble

  GNU R Simple Data Frames

• sug: r-bioc-deseq2

  R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

• sug: r-bioc-edger

  analyse empirique de données numériques d’expressions de gène avec R

• sug: r-bioc-fishpond

  Differential transcript and gene expression with inferential replicates

• sug: r-bioc-limma

  modèles linéaires pour des données de biopuce (microarray)

• sug: r-bioc-tximportdata

  quantificateurs d’abondance de transcriptions diverses avec GNU R

• sug: r-cran-devtools

  Tools to Make Developing R Packages Easier

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
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