Paketti: megadepth (1.2.0-4 ja muut) [debports]

[ Source:  ]

computes coverage from BigWig and BAM sequencing files

A major concern for the interpretation of DNA and RNA (!) sequencing is the number of reads that cover a particular area. This package has interesting statistics for the distinction of coding and non-coding parts of the genome and knows how to interpret transcripts that span multiple exons.

This package is a successor of the program 'bamcount'.

Muut pakettiin megadepth liittyvät paketit

• dep: libbigwig0t64 (>= 0.4.6)

  C library for handling bigWig files

• dep: libc6.1 (>= 2.34)

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

  GCC:n apukirjasto

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

• sug: r-bioc-megadepth

  BioCOnductor BigWig and BAM related utilities

Imuroi megadepth

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	1.2.0-4+b1	78.4 kt	276.0 kt	[tiedostoluettelo]