Paketti: r-cran-bio3d (2.4-1-1 ja muut)

[ Source: r-cran-bio3d  ]

GNU R -paketti biologiseen rakenneanalyysiin

bio3d-paketti sisältää työkaluja proteiinirakenteiden, sekvenssien ja dynamiikkadatan käsittelyyn, järjestelyyn ja tutkimiseen. Ominaisuuksia ovat rakenteiden, sekvenssidatan ja dynaamisen kehittymisdatan lukeminen ja kirjoittaminen, atomiyhteenvetojen suorittaminen, atomin valinta, uudelleensuuntaus, kerrostaminen (superpositio), klusterointi, vääntöanalyysi, etäisyysmatriisianalyysi, rakenteen ja sekvenssin säilymisanalyysi sekä pääkomponenttianalyysi (PCA). Lisäksi monilla apufunktioilla on mahdollista käyttää R-ympäristön tilastollisia ja graafisia ominaisuuksia biologisten sekvenssien ja rakennedatojen kanssa työskentelyyn.

Muut pakettiin r-cran-bio3d liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.4)

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC:n apukirjasto

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

• dep: r-api-4.0

  näennäispaketti, jonka toteuttaa r-base-core

• dep: r-base-core (>= 4.0.0-3)

  GNU R core of statistical computation and graphics system

• dep: r-cran-rcpp

  GNU R package for Seamless R and C++ Integration

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

• rec: clustalo

  General-purpose multiple sequence alignment program for proteins

• rec: dssp

  protein secondary structure assignment based on 3D structure

• rec: muscle

  Multiple alignment program of protein sequences

• rec: mustang

  multiple structural alignment of proteins

• rec: r-cran-testthat (>= 0.9.1)

  GNU R testsuite

• sug: r-bioc-biostrings

  GNU R string objects representing biological sequences

• sug: r-cran-bigmemory

  Manage Massive Matrices with Shared Memory and Memory-Mapped Files

• sug: r-cran-httr

  GNU R tools for working with URLs and HTTP

• sug: r-cran-igraph

  GNU R network analysis and visualization

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-lattice

  GNU R package for 'Trellis' graphics

• sug: r-cran-ncdf4

  GNU R interface to Unidata netCDF format data files

• sug: r-cran-rcurl

  GNU R General network (HTTP/FTP/...) client interface

• sug: r-cran-xml

  GNU R package for XML parsing and generation

Imuroi r-cran-bio3d

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
mips64el	2.4-1-1+b1	2,831.4 kt	3,933.0 kt	[tiedostoluettelo]