Paketti: mash (2.2.2+dfsg-2)

[ Source: mash  ]

fast genome and metagenome distance estimation using MinHash

Mash uses MinHash locality-sensitive hashing to reduce large biosequences to a representative sketch and rapidly estimate pairwise distances between genomes or metagenomes. Mash sketch databases effectively delineate known species boundaries, allow construction of approximate phylogenies, and can be searched in seconds using assembled genomes or raw sequencing runs from Illumina, Pacific Biosciences, and Oxford Nanopore. For metagenomics, Mash scales to thousands of samples and can replicate Human Microbiome Project and Global Ocean Survey results in a fraction of the time.

Muut pakettiin mash liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

• dep: libcapnp-0.7.0

  Cap'n Proto C++ library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC:n apukirjasto

• dep: libgsl25 (>= 2.6)

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libmurmurhash2 (>= 0.2)

  Portable MurmurHash Implementation

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

Imuroi mash

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
amd64	149.5 kt	443.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	130.6 kt	383.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	132.1 kt	482.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	148.6 kt	487.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	129.0 kt	431.0 kt	[tiedostoluettelo]