Paket: last-align (1542-1 und andere)

[ Quellcode: last-align  ]

Vergleich biologischer Sequenzen für Genome

LAST ist eine Software für den Vergleich und die Alignierung von Sequenzen, in der Regel DNA- oder Protein-Sequenzen. LAST ähnelt BLAST, kommt jedoch besser mit sehr großen Mengen an Sequenzdaten zurecht. Hier sind zwei Dinge, die LAST gut beherrscht:

 * Vergleich großer Genome (z.B. von Säugetieren).
 * Kartierung viele Sequenz-Markierungen auf einem Genom.

Die wichtigste technische Neuerung ist, dass LAST erste Übereinstimmungen auf der Grundlage ihrer Vielfachheit findet, anstatt eine feste Größe zu verwenden (z.B. verwendet BLAST 10-mere). Dies ermöglicht es, Markierungen (Tags) ohne wiederholte Maskierung (repeat-masking) auf Genome anzuwenden, ohne durch wiederholte Treffer überschüttet zu werden. Um diese Übereinstimmungen variabler Größe zu finden, verwendet es ein von Vmatch inspiriertes Suffix-Array. Um eine hohe Empfindlichkeit zu erreichen, verwendet LAST ein nicht zusammenhängendes Suffix-Array, analog zu »spaced seeds«.

Markierungen: Biologie: Nukleinsäuren, Feld: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Rolle: Programm

Andere Pakete mit Bezug zu last-align

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

• rec: parallel

  build and execute command lines from standard input in parallel

• rec: python3-pil

  Python3-Bildbearbeitungsbibliothek

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
s390x	1542-1+b1	793,9 kB	2.702,0 kB	[Liste der Dateien]