Paket: ncbi-blast+ (2.16.0+ds-6 und andere)

[ Quellcode: ncbi-blast+  ]

next generation suite of BLAST sequence search tools

The Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) is the most widely used sequence similarity tool. There are versions of BLAST that compare protein queries to protein databases, nucleotide queries to nucleotide databases, as well as versions that translate nucleotide queries or databases in all six frames and compare to protein databases or queries. PSI-BLAST produces a position-specific-scoring-matrix (PSSM) starting with a protein query, and then uses that PSSM to perform further searches. It is also possible to compare a protein or nucleotide query to a database of PSSM’s. The NCBI supports a BLAST web page at blast.ncbi.nlm.nih.gov as well as a network service.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c++, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: use::analysing, works-with::biological-sequence

Andere Pakete mit Bezug zu ncbi-blast+

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• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.5)

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• dep: liblmdb0 (>= 0.9.7)

  Lightning Memory-Mapped Database (LMDB) - Laufzeitbibliothek

• dep: libmbedcrypto16 (>= 3.6.0)

  Leichtgewichtige Krypto- und SSL/TLS-Bibliothek - Kryptobibliothek

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  Leichtgewichtige Krypto- und SSL/TLS-Bibliothek - TLS-Bibliothek

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  Leichtgewichtige Krypto- und SSL/TLS-Bibliothek - Bibliothek für x509-Zertifikate

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• dep: libsqlite3-0 (>= 3.6.12)

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• dep: libstdc++6 (>= 14)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: libuv1t64 (>= 1.33.1)

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• dep: ncbi-data

  Plattformunabhängige Daten für die NCBI-Werkzeugsammlung

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.11.dfsg)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

• enh: t-coffee

  Multiple Sequence Alignment

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
mips64el	2.16.0+ds-6+b1	11.177,5 kB	86.558,0 kB	[Liste der Dateien]