Paket: clustalx (2.1+lgpl-9 und andere)

[ Quellcode: clustalx  ]

Multiples Alignment von Nukleotid- und Proteinsequenzen (grafische Oberfläche)

Dieses Paket enthält eine grafische Oberfläche für Clustal, ein Programm für multiple Sequenzalignments. Das Paket enthält für die Analyse der Resultate eine integrierte Umgebung für multiple Sequenz- und Profilalignments. Das Sequenzalignment wird in einem Fenster angezeigt. Es wurde ein vielseitiges Farbschema implementiert, um konservierte Teile des Alignments hervorzuheben. Für professionelle Präsentationen ist das LaTeX-Paket texshade oder boxshade besser geeignet.

Sie können alle Optionen für herkömmliche multiple Sequenz- und Profilaligments über Pull-Down-Menüs am oberen Rand des Fensters erreichen. Sie können Sequenzen ausschneiden und einfügen, um die Alignment-Reihenfole zu ändern; Sie können eine Untermenge an Sequenzen auswählen, die verglichen werden sollen; Sie können einen Teilbereich des Alignments auswählen, neu anordnen und wieder in das ursprüngliche Alignment einfügen.

Es kann eine Qualitätsanlayse des Alignments durchgeführt werden. Außerdem können Segmente mit geringem Score oder ungewöhnlichen Resten hervorgehoben werden.

Markierungen: Biologie: Clustal/ALN, Proteine, Feld: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implementiert in: implemented-in::c, interface::commandline, Benutzer-Schnittstellen: Graphical User Interface, interface::x11, role::program, Zweck: Hilfswerkzeug, GUI-Baukasten: Lesstif/Motif, uitoolkit::qt, use::analysing, Zweck: Vergleichen, use::viewing, works-with-format::plaintext, Arbeitet mit: Benötige eine zusätzliche Markierung, X-Window-System: Anwendung

Andere Pakete mit Bezug zu clustalx

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libqt5core5t64 (>= 5.7.0)

  Qt-5-Basismodul

• dep: libqt5gui5t64 (>= 5.2.0)

  Qt-5-GUI-Modul

  oder libqt5gui5-gles (>= 5.2.0)

  Qt 5 GUI module — OpenGL ES variant

• dep: libqt5widgets5t64 (>= 5.0.2)

  Qt-5-Widgetmodul

• dep: libqt5xml5t64 (>= 5.0.2)

  XML-Modul für Qt 5

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• sug: boxshade

  Pretty-printing von multiplen Sequenzalignments

• sug: clustalw

  Globale multiple Alignments von Nukleotid- oder Peptidsequenzen

• sug: texlive-latex-extra

  TeX Live: LaTeX additional packages

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
armel	2.1+lgpl-9+b1	378,0 kB	1.262,0 kB	[Liste der Dateien]