Paket: dialign-tx (1.0.2-15)

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Quellcode-Paket dialign-t herunterladen:

Betreuer:

Externe Ressourcen:

Homepage [dialign-tx.gobics.de]

Segmentbasiertes multiples Sequenzalignment

DIALIGN-TX ist ein Kommandozeilenwerkzeug, um mehrere Protein- oder DNA-Sequenzen aneinander auszurichten (»zu alignen«). Es handelt sich um eine vollständige Reimplementation des segmentbasierten Ansatzes, einschließlich einiger neuer Verbesserungen und Heuristiken und anderer Verbesserungen, die im Vergleich mit DIALIGN 2.2 oder DIALIGN-T deutlich die Qualität der ermittelten Alignments erhöht. Für paarweise Alignments nutzt DIALIGN-TX einen Algorithmus zur Verkettung von Fragmenten, der Ketten niedrig bewerteter lokaler Alignments den isolierten höher bewerteten Fragmenten vorzieht. Für multiple Alignments nutzt DIALIGN-TX eine verbesserte, erfolgshungrige Prozedur, die nicht auf falsche lokale Sequenzähnlichkeiten hereinfällt.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: use::comparing, works-with-format::TODO, Unterstützt Formate: Reiner Text, Arbeitet mit: Benötige eine zusätzliche Markierung

Andere Pakete mit Bezug zu dialign-tx

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: dialign-tx-data (= 1.0.2-15)

Segment-based multiple sequence alignment (data files)
dep: libc6 (>= 2.34)

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

enh: t-coffee

Multiple Sequence Alignment

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Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	85,5 kB	223,0 kB	[Liste der Dateien]