Paket: cwltool (3.1.20241024121129-1)

[ Quellcode: cwltool  ]

Referenzimplemantation der Common Workflow Language

Dieses Paket beinhaltet die Referenzimplementierung des Common Workflow Language Standards.

Der offene Standard CWL beschreibt Analyse-Workflows und Werkzeuge mit dem Ziel der Portier- und Skalierbarkeit für eine Vielzahl von Soft- und Hardware, von Workstations bis zu Clustern, Cloud und High Performance Computing (HPC) Umgebungen. CWL wurde für die Anforderungen bei hohem Datenaufkommen entworfen, wie sie in der Bioinformatik, der medizinischen Bildverarbeitung, der Astronomie, Physik und Chemie vorkommen.

Der Anspruch der Referenzimplementierung (cwltool) ist es, alle Aspekte des Standards umzusetzen und eine vollständige Validierung von CWL-Dateien zu bieten sowie weitere Werkzeuge für das Arbeiten mit CWL-Beschreibungen.

Markierungen: System-Administration: Automatisierung und Planung, Virtualisierung, Feld: field::astronomy, field::biology, field::biology:bioinformatics, field::biology:molecular, Strukturelle Biologie, field::medicine, field::physics, Implementiert in: Python, Benutzer-Schnittstellen: interface::commandline, role::program, Wissenschaft: Berechnung, Zweck: Hilfswerkzeug, Class of system: system::cloud, system::laptop, Server, Virtual, Zweck: use::analysing, use::filtering, Unterstützt Formate: Benötige eine zusätzliche Markierung, Arbeitet mit: works-with::semantic-data, works-with::software:package

Andere Pakete mit Bezug zu cwltool

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-arcp

  (Archive and Package) URI parser and generator

• dep: python3-argcomplete

  bash/zsh tab completion for argparse (for Python 3)

• dep: python3-coloredlogs

  colored terminal output for Python 3's logging module

• dep: python3-cwl-utils (>= 0.32)

  Python Utilities and Autogenerated Classes for CWL v1.0 - v1.2

• dep: python3-mypy-extensions

  Experimentelle Typsystem-Erweiterungen für den Typprüfer mypy (Python 3)

• dep: python3-prov

  W3C Provenance Data Model (Python 3)

• dep: python3-psutil

  Modul mit komfortablen Funktionen für die Prozessverwaltung (Python 3)

• dep: python3-pydot

  Python interface to Graphviz's dot

• dep: python3-pyparsing

  Alternative zur Erzeugung und Ausführung einfacher Grammatiken - Python 3.x

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• dep: python3-setuptools

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• dep: python3-spython

  Command line Python tool for working with Singularity

• rec: nodejs

  Ereignisgesteuerte E/A für JavaScript V8 - serverseitiges Laufzeitprogramm

• sug: cwltool-doc

  Common Workflow Language reference implementation -- docs

• sug: podman

  tool to manage containers and pods

  oder docker.io

  Laufzeit für Linux-Container

  oder singularity-container

  container platform focused on supporting "Mobility of Compute"

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