Paket: ampliconnoise (1.29-15 und andere)

[ Quellcode: ampliconnoise  ]

removal of noise from 454 sequenced PCR amplicons

AmpliconNoise is a package of applications to clean up high-throughput sequence data. It consists of three main parts:

Pyronoise - does flowgram-based clustering to spot misreads SeqNoise - removes PCR point mutations Perseus - removes PCR chimeras without the need for a set of reference sequences

Previously there was a standalone "Pyronoise" by the same authors and this package includes an updated version. There is also a "Denoiser" in Qiime which is related but distinct.

Markierungen: Rolle: Programm

Andere Pakete mit Bezug zu ampliconnoise

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg)

  GNU Scientific Library -- Bibliothekspaket

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6)

  Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - Laufzeitbibliotheken

• dep: mafft

  Programm für multiples Alignment von Aminosäure- oder Nukleotidsequenzen

• rec: mpi-default-bin

  Standard-MPI-Laufzeitdateien (Metapaket)

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
s390x	1.29-15+b1	1.097,6 kB	2.108,0 kB	[Liste der Dateien]