Paket: tvc (5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-5 und andere) [debports]

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genetic variant caller for Ion Torrent sequencing platforms

Torrent Variant Caller (TVC) is a genetic variant caller for Ion Torrent sequencing platforms, and is specially optimized to exploit the underlying flow signal information in the statistical model to evaluate variants. Torrent Variant Caller is designed to call single-nucleotide polymorphisms (SNPs), multi-nucleotide polymorphisms (MNPs), insertions, deletions, and block substitutions.

Andere Pakete mit Bezug zu tvc

• dep: libarmadillo14 (>= 1:14.0.1+dfsg)

  streamlined C++ linear algebra library

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libdisorder0 (>= 0.0.2)

  library for entropy measurement of byte streams

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libjsoncpp26 (>= 1.9.6)

  C++-Bibliothek zum Lesen und Schreiben von JavaScript Object Notation

• dep: libsmithwaterman0 (>= 0.0+git20160702.2610e25)

  determine similar regions between two strings or genomic sequences (lib)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

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Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
ppc64 (inoffizielle Portierung)	5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-5+b3	1.056,5 kB	3.870,0 kB	[Liste der Dateien]