Paket: tiddit (2.12.2+dfsg-1 und andere) [debports]

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structural variant calling

TIDDIT is a tool to used to identify chromosomal rearrangements using Mate Pair or Paired End sequencing data. TIDDIT identifies intra and inter- chromosomal translocations, deletions, tandem-duplications and inversions, using supplementary alignments as well as discordant pairs.

TIDDIT has two analysis modules. The sv mode, which is used to search for structural variants. And the cov mode that analyse the read depth of a bam file and generates a coverage report.

Andere Pakete mit Bezug zu tiddit

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg)

  Paket nicht verfügbar

• dep: libc6 (>= 2.4)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.11)

  dep: python3 (>= 3.10~)

tiddit herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
ppc64 (inoffizielle Portierung)	2.12.2+dfsg-1+b1	225,3 kB	1.232,0 kB	[Liste der Dateien]