Paket: hmmer2 (2.3.2+dfsg-12) [debports]

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Profil-Hidden-Markov-Modelle für Protein-Sequenzanalyse

HMMER ist eine Implementierung der Profile-Hidden-Markov-Modelle für eine sensitive Suche in biologischen Sequenzdatenbanken mit multiplen Sequenzalignments als Anfragen.

Mit einem multiplen Sequenzalignment als Eingabe baut HMMER ein statistisches Modell, genannt »Hidden-Markov-Modell«. Mit diesem kann in Sequenzdatenbanken nach homologen Sequenzen gesucht werden. Dabei können gleichzeitig, der gesuchten Proteinfamilie zugehörige, Sequenzen alignt werden.

Andere Pakete mit Bezug zu hmmer2

• dep: libc6.1 (>= 2.37)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

• dep: libsquid1t64 (>= 1.9g+cvs20050121)

  biosquid dynamic library for biological sequence analysis

• rec: biosquid

  Hilfsprogramme für die biologische Sequenzanalyse

• sug: hmmer2-doc (>= 2.3.2+dfsg-12)

  profile hidden Markov models for protein sequence analysis (docs)

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