Paket: velvet-long (1.2.10+dfsg1-9)

[ Quellcode: velvet  ]

Nucleic acid sequence assembler for very short reads, long version

Velvet is a de novo genomic assembler specially designed for short read sequencing technologies, such as Solexa or 454, developed by Daniel Zerbino and Ewan Birney at the European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), near Cambridge, in the United Kingdom.

Velvet currently takes in short read sequences, removes errors then produces high quality unique contigs. It then uses paired read information, if available, to retrieve the repeated areas between contigs.

This package installs special long-mode versions of Velvet, as recommended in the Velvet tutorials.

Andere Pakete mit Bezug zu velvet-long

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

• dep: velvet

  Assembler für Sequenzen von Nukleinsäuren von sehr kleinen Bruchstücken (»short reads«)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
i386	227,8 kB	2.365,0 kB	[Liste der Dateien]