Paket: gbrowse (2.56+dfsg-12)

[ Quellcode: gbrowse  ]

GMODs Generic Genome Browser

Generic Genome Browser ist ein einfacher aber stark konfigurierbarer webbasierter Genombrowser. Er ist eine Komponente des Projekts Generic Model Organism Systems Database (GMOD). Einige der Merkmale:

 * simultane Vogelperspektive und detaillierte Ansicht des Genoms;
 * scrollen, zoomen, zentrieren;
 * beliebige URLs zu jeder Annotation anhängen;
 * anpassbare Reihenfolge und Aussehen der »Tracks« durch Administrator
   und Benutzer;
 * Suchen nach ID, Name oder Kommentar der Annotation;
 * unterstützt Annotationen Dritter über das Format GFF;
 * beibehalten der Einstellungen über Sitzungen hinaus;
 * DNA- und GFF-Exporte;
 * Verbindung zu verschiedenen Datenbanken, inklusive BioSQL und Chado;
 * unterstützt mehrere Sprachen;
 * laden von Merkmalen aus Erweiterungen;
 * anpassbare Erweiterungsarchitektur (z.B. BLAST laufen lassen, viele
   Formate exportieren und importieren, Oligonukleotide finden, Primer
   erstellen, Restriktionskarten erstellen, Merkmale bearbeiten).

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::perl, interface::web, Rolle: Programm, Zweck: Analyse, use::viewing, web::application, World Wide Web: CGI

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• sug: gbrowse-calign

  CAlign helper

• sug: gbrowse-data

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• sug: libfile-nfslock-perl

  perl module to do NFS (or not) locking

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