Paket: ampliconnoise (1.29-13) [debports]

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removal of noise from 454 sequenced PCR amplicons

AmpliconNoise is a package of applications to clean up high-throughput sequence data. It consists of three main parts:

Pyronoise - does flowgram-based clustering to spot misreads SeqNoise - removes PCR point mutations Perseus - removes PCR chimeras without the need for a set of reference sequences

Previously there was a standalone "Pyronoise" by the same authors and this package includes an updated version. There is also a "Denoiser" in Qiime which is related but distinct.

Andere Pakete mit Bezug zu ampliconnoise

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg)

  GNU Scientific Library -- Bibliothekspaket

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6)

  Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - Laufzeitbibliotheken

• dep: mafft

  Programm für multiples Alignment von Aminosäure- oder Nukleotidsequenzen

• rec: openmpi-bin

  Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - Programmdateien

ampliconnoise herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
hppa (inoffizielle Portierung)	1.066,0 kB	1.932,0 kB	[Liste der Dateien]