Paket: snakemake (7.32.4-6)

[ Quellcode: snakemake  ]

pythonic workflow management system

Build systems like GNU Make are frequently used to create complicated workflows, e.g. in bioinformatics. This project aims to reduce the complexity of creating workflows by providing a clean and modern domain specific language (DSL) in Python style, together with a fast and comfortable execution environment.

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• dep: python3

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• dep: python3-git

  Python library to interact with Git repositories

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• dep: python3-jsonschema

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• dep: python3-nbformat

  Das Jupyter-Notebook-Format (Python 3)

• dep: python3-packaging

  Kern-Dienstprogramme für Python3-Pakete

• dep: python3-platformdirs

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• dep: python3-requests

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• dep: python3-throttler

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• dep: python3-yaml

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• dep: python3-yte

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• rec: cwltool

  Referenzimplemantation der Common Workflow Language

• rec: imagemagick

  image manipulation programs -- binaries
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch graphicsmagick-imagemagick-compat, imagemagick-6.q16, imagemagick-7.q16

• rec: python3-azure-storage

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• rec: python3-biopython

  Python-3-Bibliothek für die Bioinformatik

• rec: python3-boto3

  Python interface to Amazon's Web Services - Python 3.x

• rec: python3-botocore

  Low-level, data-driven core of boto 3 (Python 3)

• rec: python3-dropbox

  Official Dropbox API Client (Python3 version)

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  Web-Rahmenwerk auf Grundlage von Werkzeug und Jinja2 - Python 3.x

• rec: python3-ftputil

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• rec: python3-irodsclient

  Client API for iRods

• rec: python3-kubernetes

  Kubernetes Python client - Python 3.x

• rec: python3-pygments

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• rec: python3-yappi

  Yet Another Python Profiler - Python 3.x

• sug: slurm-client

  Slurm client side commands

• sug: snakemake-doc

  documentation for pythonic workflow management system

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