Paket: umis (1.0.9-1 und andere)

[ Quellcode: umis  ]

tools for processing UMI RNA-tag data

Umis provides tools for estimating expression in RNA-Seq data which performs sequencing of end tags of transcript, and incorporate molecular tags to correct for amplification bias.

There are four steps in this process.

 1. Formatting reads
 2. Filtering noisy cellular barcodes
 3. Pseudo-mapping to cDNAs
 4. Counting molecular identifiers

Andere Pakete mit Bezug zu umis

• dep: libc6 (>= 2.17)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.13)

  dep: python3 (>= 3.12~)

• dep: python3-click

  Command-Line Interface Creation Kit - Python 3.x

• dep: python3-pandas

  data structures for "relational" or "labeled" data

• dep: python3-pysam

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• dep: python3-regex

  Alternatives Modul für reguläre Ausdrücke (Python 3)

• dep: python3-scipy

  Wissenschaftliche Werkzeuge für Python 3

• dep: python3-toolz

  List processing tools and functional utilities

• sug: umis-examples

  tools for processing UMI RNA-tag data (examples)

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
arm64	1.0.9-1+b1	30,5 kB	158,0 kB	[Liste der Dateien]