Paket: r-cran-alakazam (1.3.0-2~0exp0)

[ Quellcode: r-cran-alakazam  ]

Experimentelles Paket

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Immunoglobulin Clonal Lineage and Diversity Analysis

Alakazam is part of the Immcantation analysis framework for Adaptive Immune Receptor Repertoire sequencing (AIRR-seq) and provides a set of tools to investigate lymphocyte receptor clonal lineages, diversity, gene usage, and other repertoire level properties, with a focus on high-throughput immunoglobulin (Ig) sequencing.

Alakazam serves five main purposes:

 * Providing core functionality for other R packages in the Immcantation
   framework. This includes common tasks such as file I/O, basic DNA
   sequence manipulation, and interacting with V(D)J segment and gene
   annotations.
 * Providing an R interface for interacting with the output of the
   pRESTO and Change-O tool suites.
 * Performing lineage reconstruction on clonal populations of Ig
   sequences and analyzing the topology of the resultant lineage trees.
 * Performing clonal abundance and diversity analysis on lymphocyte
   repertoires.
 * Performing physicochemical property analyses of lymphocyte receptor
   sequences.

Andere Pakete mit Bezug zu r-cran-alakazam

• dep: libc6 (>= 2.27)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: r-api-4.0

  Paket nicht verfügbar

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.72.1)

  GNU R string objects representing biological sequences

• dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.40.0)

  BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.38.1)

  GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges

• dep: r-cran-airr (>= 1.4.1)

  GNU R AIRR data representation reference library

• dep: r-cran-ape

  GNU R package for Analyses of Phylogenetics and Evolution

• dep: r-cran-dplyr (>= 1.0)

  GNU R grammar of data manipulation

• dep: r-cran-ggplot2 (>= 3.4.0)

  Implementierung der »Grammar of Graphics«

• dep: r-cran-igraph (>= 1.5.0)

  GNU R network analysis and visualization

• dep: r-cran-matrix (>= 1.3-0)

  GNU R - Paket von Klassen für dicht und dünn besetzte Matrizen

• dep: r-cran-progress

  GNU R terminal progress bars

• dep: r-cran-rcpp (>= 0.12.12)

  GNU-R-Paket für die nahtlose Verflechtung von R und C++

• dep: r-cran-readr

  GNU R package to read rectangular text data

• dep: r-cran-rlang

  Functions for Base Types and Core R and 'Tidyverse' Features

• dep: r-cran-scales

  Skalierungsfunktionen zur Visualisierung

• dep: r-cran-seqinr

  GNU R biological sequences retrieval and analysis

• dep: r-cran-stringi

  GNU-R-Verarbeitungsfunktionen für Strings

• dep: r-cran-tibble

  GNU R Simple Data Frames

• dep: r-cran-tidyr (>= 1.0)

  GNU R package to easily tidy data

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  Konvertierung von R-Markdown-Dokumenten in verschiedene Formate

• sug: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

r-cran-alakazam herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
riscv64	2.365,1 kB	2.826,0 kB	[Liste der Dateien]