Paket: fasta3 (36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde) [debports]

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Experimentelles Paket

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tools for searching collections of biological sequences

The FASTA programs find regions of local or global similarity between Protein or DNA sequences, either by searching Protein or DNA databases, or by identifying local duplications within a sequence. Other programs provide information on the statistical significance of an alignment. Like BLAST, FASTA can be used to infer functional and evolutionary relationships between sequences as well as help identify members of gene families.

 * Protein
   - Protein-protein FASTA
   - Protein-protein Smith-Waterman (ssearch)
   - Global Protein-protein (Needleman-Wunsch) (ggsearch)
   - Global/Local protein-protein (glsearch)
   - Protein-protein with unordered peptides (fasts)
   - Protein-protein with mixed peptide sequences (fastf)

 * Nucleotide
   - Nucleotide-Nucleotide (DNA/RNA fasta)
   - Ordered Nucleotides vs Nucleotide (fastm)
   - Un-ordered Nucleotides vs Nucleotide (fasts)

 * Translated
   - Translated DNA (with frameshifts, e.g. ESTs)
     vs Proteins (fastx/fasty)
   - Protein vs Translated DNA (with frameshifts)
     (tfastx/tfasty)
   - Peptides vs Translated DNA (tfasts)

 * Statistical Significance
   - Protein vs Protein shuffle (prss)
   - DNA vs DNA shuffle (prss)
   - Translated DNA vs Protein shuffle (prfx)

 * Local Duplications
   - Local Protein alignments (lalign)
   - Plot Protein alignment "dot-plot" (plalign)
   - Local DNA alignments (lalign)
   - Plot DNA alignment "dot-plot" (plalign)

This software is often used via a web service at the EBI with readily indexed reference databases at http://www.ebi.ac.uk/Tools/fasta/.

Andere Pakete mit Bezug zu fasta3

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• rec: r-base-core

  GNU R - System für statistische Berechnungen und Grafik - Kern

• sug: bedtools

  Hilfswerkzeugsammlung zum Vergleich genomischer Merkmale

• sug: libdbd-mysql-perl

  Perl5-Datenbankschnittstelle zur Datenbank MariaDB/MySQL

• sug: libdbi-perl

  Perl Database Interface (DBI)

• sug: libhtml-tableextract-perl

  Modul zum Entnehmen der Inhalte von HTML-Tabellen

• sug: libjson-perl

  Modul für die Handhabung von Daten im JSON-Format

• sug: liburi-encode-perl

  Perl module to encode and decode strings to URIs

• sug: libwww-perl

  Einfache und konsistente Schnittstelle zum World Wide Web

• sug: libxml-twig-perl

  Perl-Modul für baumartigen Zugriff auf XML-Dateien

• sug: ncbi-blast+

  next generation suite of BLAST sequence search tools

• sug: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

• sug: python3-mysqldb

  Python-Schnittstelle zu MySQL

fasta3 herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
riscv64 (inoffizielle Portierung)	924,8 kB	5.474,0 kB	[Liste der Dateien]