Paket: python3-shasta (0.12.0-2 und andere)

[ Quellcode: shasta  ]

Experimentelles Paket

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nanopore whole genome assembly (dynamic library)

De novo assembly from Oxford Nanopore reads. The goal of the Shasta long read assembler is to rapidly produce accurate assembled sequence using as input DNA reads generated by Oxford Nanopore flow cells.

Computational methods used by the Shasta assembler include:

 * Using a run-length representation of the read sequence. This makes
   the assembly process more resilient to errors in homopolymer
   repeat counts, which are the most common type of errors in Oxford
   Nanopore reads.

 * Using in some phases of the computation a representation of the read
   sequence based on markers, a fixed subset of short k-mers (k ≈ 10).

Shasta assembly quality is comparable or better than assembly quality achieved by other long read assemblers.

This package contains the dynamic library that can be interfaced and imported within Python.

Andere Pakete mit Bezug zu python3-shasta

• dep: libblas3

  Grundlegende Unterprogramme für Lineare Algebra, gemeinsame Bibliothek

  oder libblas.so.3

  Paket nicht verfügbar

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)

  C++-Bibliothek für Programmoptionen

• dep: libboost-serialization1.83.0 (>= 1.83.0)

  Serialisierungsbibliothek für C++

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: liblapack3

  Bibliothek von Routinen für Lineare Algebra (3) - gemeinsame Version

  oder liblapack.so.3

  Paket nicht verfügbar

• dep: libpng16-16t64 (>= 1.6.2)

  PNG-Bibliothek - Laufzeit (Version 1.6)

• dep: libpython3.13 (>= 3.13.0~rc3)

  Shared Python runtime library (version 3.13)

• dep: libspoa7.0.0 (>= 4.1.4)

  SIMD partial order alignment library

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: ncbi-blast+

  next generation suite of BLAST sequence search tools

• dep: python3 (<< 3.14)

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (>= 3.13~)

python3-shasta herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
arm64	0.12.0-2+b1	1.918,9 kB	7.742,0 kB	[Liste der Dateien]