Paket: med-cloud (3.3)

[ Quellcode: debian-med  ]

Debian Med - Bioinformatikanwendungen für Cloud Computing

Dieses Metapaket wird Debian-Pakete mit Bezug zu Molekularbiologie, Strukturbiologie und Bioinformatik für den Einsatz in den Biowissenschaften installieren, die nicht von grafischen Werkzeugsätzen abhängen. Dadurch können diese Pakete in Cloud-Computing-Clustern verwendet werden, auf denen der Speicherplatz limitiert sein kann.

Markierungen: Feld: Molekularbiologie, Rolle: Meta-Paket

Andere Pakete mit Bezug zu med-cloud

• dep: med-config (= 3.3)

  Debian Med - allgemeines Konfigurationspaket

• dep: med-tasks (= 3.3)

  Debian Med - Aufgabenprofile für tasksel

• rec: abyss

  Paralleler De-novo-Sequenzassembler für »short reads«

• rec: acedb-other

  Abrufen von DNA- oder Proteinsequenzen

• rec: aevol

  Digitales genetisches Modell zur Durchführung von Evolutionsexperimenten in silico

• rec: alien-hunter

  Interpolated Variable Order Motifs zur Identifizierung horizontal erhaltener DNA

• rec: altree

  Programm zur Phylogenie-basierten Assoziations- und Lokalisierungsanalyse

• rec: amap-align

  Protein multiple alignment by sequence annealing

• rec: ampliconnoise

  removal of noise from 454 sequenced PCR amplicons

• rec: anfo

  Alignments/Abbildungen kurzer DNA-Sequenzen, von MPG

• rec: aragorn

  tRNA- und tmRNA-Nachweis in Nukleotidsequenzen

• rec: arden

  Genaue Kontrolle für das Lesen von Alignierungen unter Verwendung einer künstlichen Intelligenz

• rec: autodock

  Analyse der Ligandenbindung von Proteinstrukturen

• rec: autodock-vina

  Docking kleiner Moleküle an Proteine

• rec: autogrid

  Vorberechnung der Bindung von Liganden an ihren Rezeptor

• rec: bamtools

  toolkit for manipulating BAM (genome alignment) files

• rec: bedtools

  Hilfswerkzeugsammlung zum Vergleich genomischer Merkmale

• rec: bioperl

  Perl-Werkzeuge für bioinformatische Anwendungen

• rec: bioperl-run

  BioPerl-Hüllen: Skripte

• rec: biosquid

  Hilfsprogramme für die biologische Sequenzanalyse

• rec: blast2

  transitional dummy package to ncbi-blast+-legacy

• rec: bowtie

  Ultraschnelles und speichersparendes Alignmentprogramm für kurze DNA-Sequenzen

• rec: bowtie2

  Ultraschnelles und speichersparendes Alignmentprogramm für kurze DNA-Sequenzen

• rec: boxshade

  Pretty-printing von multiplen Sequenzalignments

• rec: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• rec: cain

  simulations of chemical reactions

• rec: cassiopee

  index and search tool in genomic sequences

• rec: cd-hit

  Programme zur schnellen Gruppierung von Sequenzen

• rec: cdbfasta

  CDB-Werkzeuge zur Indizierung und Abfrage für multi-FASTA-Dateien

• rec: circos

  Kurvenzeichner (Plotter) zur Datenvisualisierung

• rec: clearcut

  extremely efficient phylogenetic tree reconstruction

• rec: clonalframe

  inference of bacterial microevolution using multilocus sequence data

• rec: clustalo

  Universalprogramm für multiple Sequenzalignments (MSA) von Proteinen

• rec: clustalw

  Globale multiple Alignments von Nukleotid- oder Peptidsequenzen

• rec: concavity

  Vorhersage von Proteinliganden-Bindungsstellen mittels Struktur und Konservierung

• rec: conservation-code

  Werkzeug zur Bewertung von Proteinsequenz-Konservierung

• rec: datamash

  statistics tool for command-line interface

• rec: dialign

  Segmentbasiertes multiples Sequenzalignment

• rec: dialign-tx

  Segmentbasiertes multiples Sequenzalignment

• rec: discosnp

  discovering Single Nucleotide Polymorphism from raw set(s) of reads

• rec: disulfinder

  Vorhersage der Disulfidbindungen von Cysteinen und deren Verbindungsfähigkeit

• rec: dnaclust

  tool for clustering millions of short DNA sequences

• rec: dssp

  Sekundärstruktur-Zuordnung bei Proteinen, basierend auf 3D-Struktur

• rec: embassy-domainatrix

  Zusätzliche EMBOSS-Kommandos zur Arbeit mit Domänen-Klassendateien

• rec: embassy-domalign

  Zusätzliche EMBOSS-Befehle für Alignments mit Proteindomänen

• rec: embassy-domsearch

  Zusätzliche EMBOSS-Befehle zur Suche von Proteindomänen

• rec: emboss

  Europäische, quelloffene Software-Suite für Molekularbiologie

• rec: exonerate

  Generisches Werkzeug zum paarweisen Sequenzvergleich

• rec: fastdnaml

  Werkzeug zum Aufbau phylogenetischer Bäume von DNA-Sequenzen

• rec: fastlink

  Schnellere Version der Stammbaum-Programme von Linkage

• rec: fastqc

  quality control for high throughput sequence data

• rec: fasttree

  phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

• rec: fastx-toolkit

  Vorverarbeitung kurzer FASTQ/A-Nukleotidsequenzen

• rec: fitgcp

  fitting genome coverage distributions with mixture models

• rec: flexbar

  flexible barcode and adapter removal for sequencing platforms

• rec: freecontact

  fast protein contact predictor

• rec: gasic

  genome abundance similarity correction

• rec: genometools

  Vielseitiger Werkzeugsatz für Genomanalysen

• rec: gff2aplot

  pair-wise alignment-plots for genomic sequences in PostScript

• rec: gff2ps

  Erstellt PostScript-Grafiken aus GFF-Dateien

• rec: giira

  RNA-Seq driven gene finding incorporating ambiguous reads

• rec: glam2

  Unterbrochene Protein-Motive aus ungeordneten Sequenzen

• rec: grinder

  Vielseitige Simulation von -omik-Shotgun und -Amplikonsquenzierungen

• rec: gromacs

  Simulator für Moleküldynamik, Werkzeuge für das Erstellen der Modelle und deren Analyse

• rec: hhsuite

  Sensible Proteinsequenzsuchen, basierend auf HMM-HMM-Alignment

• rec: hmmer

  Profil-Hidden-Markov-Modelle für Protein-Sequenzanalyse

• rec: idba

  iterative De Bruijn Graph short read assemblers

• rec: infernal

  Rückschluss auf Alignments der RNA-Sekundärstruktur

• rec: jellyfish

  Zählt k-mere in DNA-Sequenzen

• rec: kalign

  Globales und fortschreitendes multiples Sequenzalignment

• rec: kissplice

  Detection of various kinds of polymorphisms in RNA-seq data

• rec: last-align

  Vergleich biologischer Sequenzen für Genome

• rec: loki

  MCMC Linkage-Analyse auf allgemeine Stammbäume

• rec: macs

  Model-based Analysis of ChIP-Seq on short reads sequencers

• rec: mafft

  Programm für multiples Alignment von Aminosäure- oder Nukleotidsequenzen

• rec: mapsembler2

  bioinformatics targeted assembly software

• rec: maq

  Kartiert kurze polymorphe DNA-Sequenzen mit fester Länge auf Referenzsequenzen

• rec: melting

  Berechnet die Schmelztemperatur eines Nukleinsäure-Doppelhelix

• rec: minia

  short-read biological sequence assembler

• rec: mipe

  Werkzeuge zum Speichern von PCR-abgeleiteten Daten

• rec: mira-assembler

  Whole Genome Shotgun and EST Sequence Assembler

• rec: mlv-smile

  Findet statistisch signifikante Sequenzmuster

• rec: mothur

  Sequenzanalysen-Suite zur Forschung an Mikrobiota

• rec: mrbayes

  Bayessche Inferenz der Phylogenie

• rec: mummer

  Effizientes Sequenzalignment vollständiger Genome

• rec: muscle

  Programm zur Ausrichtung mehrerer Proteinsequenzen

• rec: mustang

  Struktur-Alignment mehrerer Proteine

• rec: ncbi-epcr

  Tool to test a DNA sequence for the presence of sequence tagged sites

• rec: ncbi-tools-bin

  NCBI libraries for biology applications (text-based utilities)

• rec: ncoils

  coiled coil secondary structure prediction

• rec: neobio

  computes alignments of amino acid and nucleotide sequences

• rec: paraclu

  Parametric clustering of genomic and transcriptomic features

• rec: parsinsert

  Parsimonious Insertion of unclassified sequences into phylogenetic trees

• rec: pdb2pqr

  Preparation of protein structures for electrostatics calculations

• rec: perm

  efficient mapping of short reads with periodic spaced seeds

• rec: phyml

  Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood

• rec: phyutility

  simple analyses or modifications on both phylogenetic trees and data matrices

• rec: picard-tools

  Kommandozeilenwerkzeuge zur Bearbeitung von SAM- und BAM-Dateien

• rec: plink

  Werkzeugsatz für die Analyse von Zusammenhängen im gesamten Genom

• rec: poa

  Partial Order Alignment for multiple sequence alignment

• rec: prank

  Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences

• rec: prime-phylo

  bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

• rec: primer3

  tool to design flanking oligo nucleotides for DNA amplification

• rec: probabel

  Werkzeugsatz für genomweite Assoziationsanalyse

• rec: probcons

  PROBabilistic CONSistency-based multiple sequence alignment

• rec: proda

  Mulitple Alignments von Proteinsequenzen

• rec: prodigal

  Microbial (bacterial and archaeal) gene finding program

• rec: pynast

  alignment of short DNA sequences

• rec: python-biopython

  Python-Bibliothek für die Bioinformatik (implementiert in Python 2)

• rec: python-cogent

  Rahmenwerk für genomische Biologie

• rec: python3-biomaj3-cli

  BioMAJ client

• rec: python3-biopython

  Python library for bioinformatics (implemented in Python 3)

• rec: r-bioc-hilbertvis

  GNU-R-Paket zur Visualisierung langer Datenvektoren

• rec: r-cran-pvclust

  Hierarchical Clustering with P-Values via Multiscale Bootstrap

• rec: r-cran-qtl

  GNU R package for genetic marker linkage analysis

• rec: r-cran-vegan

  Community Ecology Package for R

• rec: r-other-mott-happy.hbrem

  GNU R package for fine-mapping complex diseases

• rec: raster3d

  Werkzeuge zum Erstellen von hochqualitativen Rasterbildern von Proteinen oder anderen Molekülen

• rec: readseq

  Umwandlung von Sequenzformaten

• rec: rnahybrid

  Schnelle und effektive Vorhersage von microRNA/Vergleichsmuster-Duplexen

• rec: rtax

  Classification of sequence reads of 16S ribosomal RNA gene

• rec: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• rec: seqan-apps

  C++ library for the analysis of biological sequences

• rec: sibsim4

  Richtet exprimierte RNA-Sequenzen an einer DNA-Vorlage aus

• rec: sigma-align

  Einfache multiple Alignments nicht-kodierender DNA-Sequenzen

• rec: sim4

  Werkzeug für Alignments von cDNA mit genomischer DNA

• rec: smalt

  Sequence Mapping and Alignment Tool

• rec: snap

  location of genes from DNA sequence with hidden markov model

• rec: soapdenovo

  short-read assembly method to build de novo draft assembly

• rec: soapdenovo2

  Assembler, der Reads zu einem de-novo-Entwurf zusammenfügt

• rec: squizz

  Konverter für genetische Sequenzen und Alignierungen

• rec: sra-toolkit

  utilities for the NCBI Sequence Read Archive

• rec: ssake

  Genomische Anwendung, die Millionen sehr kurzer DNA-Sequenzen zusammenführt

• rec: staden-io-lib-utils

  programs for manipulating DNA sequencing files

• rec: t-coffee

  Multiple Sequence Alignment

• rec: tabix

  Allgemeiner Indexierer für tabulator-getrennte Genom-Positions-Dateien

• rec: theseus

  Maximum-Likelihood-Überlagerung von Makromolekülen

• rec: tigr-glimmer

  Generkennung in Genomen von Bakterien und Archaebakterien

• rec: tophat

  fast splice junction mapper for RNA-Seq reads

• rec: tree-puzzle

  Rekonstruktion phylogenetischer Bäume durch »Maximum Likelihood«

  oder tree-ppuzzle

  Parallelisierte Rekonstruktion phylogenetischer Bäume durch »Maximum Likelihood«

• rec: vcftools

  Collection of tools to work with VCF files

• rec: velvet

  Assembler für Sequenzen von Nukleinsäuren von sehr kleinen Bruchstücken (»short reads«)

• rec: wise

  Vergleich biologischer Polymere, wie DNA- und Protein-Sequenzen

• rec: zalign

  parallel local alignment of biological sequences

• sug: bagpipe

  Paket nicht verfügbar

• sug: cufflinks

  Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

• sug: embassy-phylip

  EMBOSS conversions of the programs in the phylip package

• sug: gmap

  spliced and SNP-tolerant alignment for mRNA and short reads

• sug: qiime

  Paket nicht verfügbar

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