Paket: tabix (1.9-12~deb10u1)

[ Quellcode: htslib  ]

Allgemeiner Indexierer für tabulator-getrennte Genom-Positions-Dateien

Tabix indexiert Dateien, wobei Spalten zur Definition der Sequenzkoordinaten genutzt werden: Name (für gewöhnlich ein Chromosom), Beginn und Ende. Die Eingabedatei muss positionssortiert und mittels bgzip (welches eine gzip ähnliche Schnittstelle besitzt und von diesem Paket bereitgestellt wird) komprimiert sein. Nach der Indexierung ist tabix imstande zügig Datenzeilen anhand von Chromosomenkoordinten abzufragen. Schnelle Datenabfragung ist ebenfalls über ein Netzwerk möglich, wenn eine URI als Dateiname angegeben ist.

Diese Version von tabix wurde aus den HTSlib-Quellen erstellt.

Markierungen: Implementiert in: C, Rolle: Programm, Wissenschaft: science::calculation, use::calculating, Unterstützt Formate: HTML, Hypertext Markup Language (Hypertext-Auszeichnungssprache), Arbeitet mit: Text

Andere Pakete mit Bezug zu tabix

• dep: libbz2-1.0

  Hochwertiger, Blöcke sortierender Dateikomprimierer - Laufzeitbibliothek

• dep: libc6 (>= 2.15)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libcurl3-gnutls (>= 7.18.0)

  Einfach nutzbare Client-Bibliothek für URL-Übertragungen (GnuTLS-Variante)

• dep: libdeflate0 (>= 1.0)

  Schnelle DEFLATE-basierte Komprimierung und Dekomprimierung im gesamten Puffer

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614)

  Bibliothek für das XZ-Kompressionsformat

• dep: libssl1.1 (>= 1.1.0)

  Werkzeugsatz für das Secure Socket Layer (SSL) - Laufzeitbibliotheken

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	284,8 kB	979,0 kB	[Liste der Dateien]