Paket: seaview (1:4.7-1)

[ Quellcode: seaview  ]

Schnittstelle mehrerer Plattformen für Sequenzalignments und Phylogenie

SeaView liest und schreibt unterschiedliche Dateiformate (NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE, Newick) von DNA- und Proteinsequenzen sowie von phylogenetischen Bäumen. Alignments können manuell bearbeitet werden. Mittels SeaView können die Programme Muscle oder Clustal Omega multiple Sequenzalignments durchführen. Es erlaubt ebenfalls beliebige externe Alignment-Algorithmen zu verwenden, die FASTA-formatierte Dateien lesen und schreiben können. SeaView berechnet phylogenetische Bäume mit Parsinomie mittels PHYLIPs Algorithmus dnapars/protpars, per Distanz mit den Algorithmen NJ oder NioNJ mit einer Vielzahl an evolutionären Distanzen oder per Maximum-Likelihood mittels dem Programm PhyML 3.0. SeaView zeichnet phylogenetische Bäume auf dem Bildschirm oder in PostScript-Dateien und ermöglicht den Download von Sequenzen über das Internet bei EMBL/GenBank/UniProt.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c, implemented-in::c++, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, interface::graphical, interface::x11, Vernetzung: Client, Netzwerk-Protokoll: Benötige eine zusätzliche Markierung, Rolle: role::program, scope::utility, GUI-Baukasten: FLTK, Zweck: Benötige eine zusätzliche Markierung, use::comparing, use::editing, Drucken, use::viewing, works-with-format::plaintext, Arbeitet mit: works-with::biological-sequence, x11::application

Andere Pakete mit Bezug zu seaview

• dep: libc6 (>= 2.14)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libfltk-images1.3

  Fast Light Toolkit - Unterstützung für das Laden von Bildern

• dep: libfltk1.3 (>= 1.3.4)

  Fast Light Toolkit - Haupt-Laufzeitbibliothek

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

• rec: clustalo

  Universalprogramm für multiple Sequenzalignments (MSA) von Proteinen

• rec: muscle

  Programm zur Ausrichtung mehrerer Proteinsequenzen

• rec: phyml

  Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	340,5 kB	849,0 kB	[Liste der Dateien]