Paket: conservation-code (20110309.0-7)

[ Quellcode: conservation-code  ]

Werkzeug zur Bewertung von Proteinsequenz-Konservierung

Das Paket stellt das Werkzeug score_conservation(1) bereit, das die Konservierung bei Proteinsequenzen bewertet.

Die folgenden Bewertungsmethoden für Konservierungen sind implementiert:

 * Summe aller Paare
 * gewichtete Summe aller Paare
 * Shannon-Entropie
 * Shannon-Entropie nach Eigenschaften gruppiert (Mirny und Shakhnovich
   1995, Valdar und Thornton 2001)
 * relative Entropie nach Eigenschaften gruppiert (Williamson 1995)
 * von-Neumann-Entropie (Caffrey et al 2004)
 * relative Entropie (Samudrala und Wang 2006)
 * Jensen–Shannon-Divergenz (Capra und Singh 2007)

Ebenso enthalten ist eine fensterbasierte Erweiterung, die die geschätzte Konservierung von sequenziell ähnlichen Resten in den Score für jede Spalte einarbeitet. Diese Fensterfunktion kann auf jede der genannten Bewertungsmethoden angewandt werden.

Das Programm akzeptiert Alignments in den Formaten CLUSTAL und FASTA.

Die sequenzspezifische Ausgabe kann auch als Eingabe der Konservierung für ConCavitiy verwendet werden.

Konservierung trifft beim Identifizieren von aktiven Zentren und Resten in der Nähe von gebundenen Liganden gute Voraussagen.

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