Paket: vg-docs (1.30.0+ds-1)

[ Quellcode: vg  ]

Werkzeuge zum Arbeiten mit Genom-Variationsgraphen -- Dokumentation

Datenstrukturen für Variationsgraphen, Austauschformate, Alignment, Genotypisierung und Methoden zum Aufrufen von Varianten

Variationsgraphen liefern eine prägnante Codierung der Sequenzen vieler Genome. Ein Variationsgraph (insbesondere wie in vg implementiert) besteht aus:

 - Knoten, die durch Sequenzen und IDs gekennzeichnet sind
 - Kanten, die zwei Knoten über eines ihrer jeweiligen Enden verbinden
 - Pfade, die Genome, Sequenzalignments und Annotationen (wie Genmodelle
   und Transkripte) als Spaziergänge (walks) durch Knoten, die durch
   Kanten verbunden sind, beschreiben

Dieses Modell ähnelt einer Reihe von Sequenzdiagrammen, die beim Assembly und beim Alignment mehrerer Sequenzen verwendet wurden. Pfade stellen Koordinatensysteme relativ zu den im Diagramm codierten Genomen bereit, sodass stabile Zuordnungen erstellt werden können, selbst wenn die Struktur des Graphen geändert wird.

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