Paket: prime-phylo (1.0.11-9 und andere)

[ Quellcode: prime-phylo  ]

bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) is a package supporting inference of evolutionary parameters in a Bayesian framework using Markov chain Monte Carlo simulation. A distinguishing feature of PrIME is that the species tree is taken into account when analyzing gene trees.

The input data to PrIME is a multiple sequence alignment in FASTA format and the output data contains trees in Newick format.

Andere Pakete mit Bezug zu prime-phylo

• dep: libblas3

  Grundlegende Unterprogramme für Lineare Algebra, gemeinsame Bibliothek

  oder libblas.so.3

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch libatlas3-base, libblas3, libblis3-openmp, libblis3-pthread, libblis3-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libboost-mpi1.74.0 (>= 1.74.0)

  C++ interface to the Message Passing Interface (MPI)

• dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0)

  Serialisierungsbibliothek für C++

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: liblapack3

  Bibliothek von Routinen für Lineare Algebra (3) - gemeinsame Version

  oder liblapack.so.3

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libopenmpi3 (>= 4.0.5)

  Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - Laufzeitbibliotheken

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: libxml2 (>= 2.7.4)

  GNOME-XML-Bibliothek

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

• sug: mafft

  Programm für multiples Alignment von Aminosäure- oder Nukleotidsequenzen

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  Bayessche Inferenz der Phylogenie

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  Programm zur Ausrichtung mehrerer Proteinsequenzen

• sug: njplot

  Programm zur Darstellung phylogenetischer Bäume

• sug: phyml

  Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood

• sug: probalign

  multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities

• sug: python3-biopython

  Python-3-Bibliothek für die Bioinformatik

• sug: raxml

  Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees

• sug: treeviewx

  Anzeige und Druck phylogenetischer Bäume

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
s390x	1.0.11-9+b1	717,4 kB	3.170,0 kB	[Liste der Dateien]