Paket: miniasm (0.3+dfsg-2)

[ Quellcode: miniasm  ]

ultrafast de novo assembler for long noisy DNA sequencing reads

Miniasm is an experimental very fast OLC-based de novo assembler for noisy long reads. It takes all-vs-all read self-mappings (typically by minimap) as input and outputs an assembly graph in the GFA format. Different from mainstream assemblers, miniasm does not have a consensus step. It simply concatenates pieces of read sequences to generate the final unitig sequences. Thus the per-base error rate is similar to the raw input reads.

Markierungen: Biologie: Nukleinsäuren, Feld: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: role::program, science::calculation, Zweck: Berechnen, use::comparing, works-with::biological-sequence

Andere Pakete mit Bezug zu miniasm

• dep: libc6 (>= 2.4)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

• rec: minimap

  tool for approximate mapping of long biosequences such as DNA reads

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s390x	28,5 kB	74,0 kB	[Liste der Dateien]