Paket: gromacs-openmpi (2020.6-2)

[ Quellcode: gromacs  ]

Simulation von Molekulardynamik, Binärprogramme für OpenMPI-Parallelisierung

GROMACS ist ein vielseitiges Paket, um Molekulardynamik anzuwenden, z.B. um die Newtonschen Bewegungsgleichungen für Systeme mit Hunderten bis zu Millionen von Teilchen zu simulieren.

Es wurde primär für biochemische Moleküle wie Proteine und Fette entworfen, die eine Vielzahl von komplizierten kovalenten Wechselwirkungen aufweisen. Da aber GROMACS die nicht-kovalenten Interaktionen (welche in Simulationen dominieren) extrem schnell berechnen kann, nutzen viele Gruppen es auch für Forschungen an nicht-biologischen Systemen, z.B. an Polymeren.

Dieses Paket enthält nur das eigentliche Simulationsprogramm, das über die OpenMPI-Schnittstelle Parallelisierung unterstützt. Es eignet sich für die Knoten eines Clusters oder für Multiprozessor-Maschinen.

Markierungen: Software-Entwicklung: C-Entwicklung, Bibliotheken, Feld: Biologie, field::chemistry, implemented-in::c, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: role::devel-lib, role::program, Zweck: Hilfswerkzeug, Arbeitet mit: Paketierte Software

Andere Pakete mit Bezug zu gromacs-openmpi

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libfftw3-double3 (>= 3.3.5)

  Bibliothek zur Berechnung Schneller Fourier-Transformationen (doppelte Genauigkeit)

• dep: libfftw3-single3 (>= 3.3.5)

  Bibliothek zur Berechnung Schneller Fourier-Transformationen (einfache Genauigkeit)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhwloc15 (>= 2.4.1+dfsg)

  Hierarchische Ansicht des Rechners - Laufzeitbibliotheken

• dep: libopenmpi3 (>= 4.1.0)

  Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - Laufzeitbibliotheken

• dep: libstdc++6 (>= 6)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: openmpi-bin (>= 1.2.3)

  Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - Programmdateien

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

• rec: gromacs

  Simulator für Moleküldynamik, Werkzeuge für das Erstellen der Modelle und deren Analyse

• sug: gromacs-data

  Daten und Dokumentation für GROMACS, einen Simulator für Moleküldynamik

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
s390x	3.280,8 kB	13.059,0 kB	[Liste der Dateien]