Paket: theseus (3.3.0-9)

[ Quellcode: theseus  ]

Maximum-Likelihood-Überlagerung von Makromolekülen

Das Programm Theseus überlagert gleichzeitig mehrere makromolekulare Strukturen. Theseus findet die optimale Lösung für das Überlagerungsproblems mit der Maximum-Likelihood-Methode. Mit dem »down-weighting« variabler Regionen der Überlagerung und durch einen Ausgleich für Korrelationen zwischen Atomen produziert die ML-Überlagerungsmethode sehr genaue strukturelle Alignments (Ausrichtungen).

Wenn Makromoleküle mit verschiedenen Restsequenzen überlagert werden, verwerfen andere Programme und Algorithmen die mit Lücken ausgerichteten Restsequenzen. Theseus verwendet jedoch einen neuartigen Überlagerungsalgorithmus, der alle Daten verarbeitet.

Markierungen: Biologie: Proteine, Feld: Biologie, field::biology:bioinformatics, field::biology:structural, Implementiert in: C, Benutzer-Schnittstellen: interface::commandline, role::program, Zweck: Analyse, use::comparing, works-with-format::plaintext

Andere Pakete mit Bezug zu theseus

• dep: clustalo

  General-purpose multiple sequence alignment program for proteins

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgsl25 (>= 2.6)

  GNU Scientific Library -- Bibliothekspaket

• dep: muscle

  Programm zur Ausrichtung mehrerer Proteinsequenzen

• sug: clustalw

  Globale multiple Alignments von Nukleotid- oder Peptidsequenzen

• sug: dialign

  Segmentbasiertes multiples Sequenzalignment

• sug: kalign

  Globales und fortschreitendes multiples Sequenzalignment

• sug: mafft

  Programm für multiples Alignment von Aminosäure- oder Nukleotidsequenzen

• sug: probcons

  PROBabilistic CONSistency-based multiple sequence alignment

• sug: t-coffee

  Multiple Sequence Alignment

• sug: theseus-examples

  superimpose macromolecules using maximum likelihood (examples)

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