Paket: eigensoft (7.2.1+dfsg-2)

[ Quellcode: eigensoft  ]

reduction of population bias for genetic analyses

The EIGENSOFT package combines functionality from the group's population genetics methods (Patterson et al. 2006) and their EIGENSTRAT stratification method (Price et al. 2006). The EIGENSTRAT method uses principal components analysis to explicitly model ancestry differences between cases and controls along continuous axes of variation; the resulting correction is specific to a candidate marker's variation in frequency across ancestral populations, minimizing spurious associations while maximizing power to detect true associations. The EIGENSOFT package has a built-in plotting script and supports multiple file formats and quantitative phenotypes.

Andere Pakete mit Bezug zu eigensoft

• dep: libblas3

  Grundlegende Unterprogramme für Lineare Algebra, gemeinsame Bibliothek

  oder libblas.so.3

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch libatlas3-base, libblas3, libblis3-openmp, libblis3-pthread, libblis3-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgsl25 (>= 2.6)

  GNU Scientific Library -- Bibliothekspaket

• dep: liblapack3

  Bibliothek von Routinen für Lineare Algebra (3) - gemeinsame Version

  oder liblapack.so.3

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: liblapacke (>= 3.9.0)

  Library of linear algebra routines 3 - C lib shared version

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

• rec: gnuplot

  Kommandozeilengesteuertes, interaktives Plot-Programm
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

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