Paket: velvet (1.2.10+dfsg1-7)

[ Quellcode: velvet  ]

Assembler für Sequenzen von Nukleinsäuren von sehr kleinen Bruchstücken (»short reads«)

Velvet ist ein genomischer De-Novo-Assembler, der speziell für Short-Read-Sequenziertechnologien, wie Solexa oder 454, erstellt wurde. Entwickelt wurde der Assembler von Daniel Zerbino und Ewan Birney am European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), nahe Cambridge, im Vereinigten Königreich.

Derzeit liest Velvet Short-Read-Sequenzen ein, entfernt Fehler und erstellt hochqualitative einzigartige Contigs. Danach werden, falls vorhanden, Paired-Read-Informationen verwendet, um die repetitiven Bereiche zwischen Contigs zu erhalten.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: Analyse

Andere Pakete mit Bezug zu velvet

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

• sug: velvet-example

  Example data for the Velvet sequence assembler

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
i386	687,6 kB	1.430,0 kB	[Liste der Dateien]