Paket: anfo (0.98-8)

[ Quellcode: anfo  ]

Alignments/Abbildungen kurzer DNA-Sequenzen, von MPG

Anfo ist ein Mapper in der Art von Soap/Maq/Bowtie, aber die Implementierung ähnelt eher BLAST/BLAT. Anful ist für Alignments sequenzierter Reads (kurze DNA-Sequenzen) am nützlichsten, wenn die DNA-Sequenz irgendwie verändert wurde (etwa sehr alte DNA oder Bisulfit-Behandlung) und/oder wenn es zwischen Probe und Referenz mehr Abweichungen gibt, als schnelle Mapper problemlos vertragen (etwa wenn das Referenzgenom fehlt und stattdessen eine verwandte Spezies benutzt wird).

Andere Pakete mit Bezug zu anfo

• dep: libanfo0 (>= 0.98)

  Library for Short Read Aligner/Mapper from MPG

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libelk0

  implementation of Scheme (the Extension Language Kit)

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libpopt0 (>= 1.14)

  Bibliothek zum Auswerten von Befehlszeilen-Parametern

• dep: libprotobuf23 (>= 3.12.3)

  C++-Bibliothek für Protocol Buffers

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
i386	119,6 kB	417,0 kB	[Liste der Dateien]