Paket: ragout (2.3-2 und andere)

[ Quellcode: ragout  ]

Reference-Assisted Genome Ordering UTility

Ragout (Reference-Assisted Genome Ordering UTility) is a tool for chromosome-level scaffolding using multiple references. Given initial assembly fragments (contigs/scaffolds) and one or multiple related references (complete or draft), it produces a chromosome-scale assembly (as a set of scaffolds).

The approach is based on the analysis of genome rearrangements (like inversions or chromosomal translocations) between the input genomes and reconstructing the most parsimonious structure of the target genome.

Ragout now supports both small and large genomes (of mammalian scale and complexity). The assembly of highly polymorphic genomes is currently limited.

Andere Pakete mit Bezug zu ragout

• dep: libc6 (>= 2.4)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: python3

  Interaktive objektorientierte Hochsprache (Python3-Standardversion)

• dep: python3-networkx (>= 2.2)

  Werkzeug zum Erstellen, Manipulieren und Studieren komplexer Netzwerke (Python 3)

• rec: sibelia

  comparative genomics tool

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
armel	2.3-2+b1	2.069,2 kB	9.649,0 kB	[Liste der Dateien]